肝癌病人治疗主要由肿瘤累及器官、肿瘤扩散、病人的一般状况和年龄来决定。例如肝脏肿瘤分为四类：
1. 局部可切除肿瘤－位于一个部位可完整切除。
2. 局部不可切除肿瘤－位于一个区域但无法安全完整切除。
3. 进展期肿瘤－扩散至全肝或身体其他部位。
4. 复发肿瘤－肿瘤经过治疗后再次出现于肝脏或身体其他部位。
依据上述分类和其他因素，医师组共同讨论决定患者的治疗过程。经常使用于原发性肝癌的治疗包括手术、B超引导下射频消融治疗、肝动脉化疗栓塞和全身静脉化疗。
手术
目前大多数原发性肝癌可以手术切除。而在二十世纪八十年代早期原发性肝癌很少进行手术治疗。研究显示对于老年病人进行肝胆手术可以取得和年轻患者一样好的预后，年龄因素不再是手术的决定因素。
全肝移植需要对病例进行严格筛选。一个病人是否适合进行全肝移植需要评价肿瘤的大小和数量以及肝脏伴随疾病如肝硬化等。
肝脏手术由于某些原因难度较大。本质上，肝脏是近心器官，许多进出心脏的主要血管经过肝脏或在肝脏后。肝脏解剖并不总是像表面上那么清晰，该器官体积大，质地细密柔软，部分被肋骨覆盖，受到创伤容易撕裂和出血。
肝脏是人体具有再生能力的两个器官之一。即使跨越80％以上的肝脏被切除，几周后即可完全再生。如果一个肝叶完全切除，残余肝叶可以代偿。目前国际上正在评估一项可以促进肝脏再生的技术－术前门静脉栓塞技术。如果医生认为术后残余肝脏体积太小时就可以在手术前将肝脏血供转移至健康肝组织。这部分健康肝组织即可增长，当其体积达到一定大小后就可以进行手术治疗。
如果肝癌患者伴有其他疾病如肝硬化等，将增加手术难度或无法手术治疗。肝硬化可导致肝脏再生能力下降，对这些患者将采取手术外的其他治疗方法如下：
影像指导下治疗
可以采用侵袭性小的影像指导下治疗。该治疗过程经皮穿刺而不需要开腹，对患者创伤小。该治疗只能在一定程度上有效的控制肿瘤生长，但难以治愈。
经皮肝动脉化疗栓塞
健康肝组织的血供来源主要是门静脉，少部分来源于肝动脉，但肿瘤组织的大部分血供来自于肝动脉。针对肝动脉治疗，对身体其他器官的影响很小。栓塞是在影像指导下在肝动脉置入导管，然后注入小颗粒来阻断进入肿瘤的血流，减少肿瘤的营养和氧气供应，进而导致肿瘤细胞死亡。介入科医生可以在影像指导下进行肝动脉化疗栓塞（TACE）。TACE亦可以与手术、射频消融治疗联合治疗肿瘤，例如一个难以手术切除的肝细胞癌患者可以先进行栓塞，待肿瘤缩小，进行射频消融治疗或手术治疗。
B超引导下射频消融治疗
小于四个病灶的原发性肝癌患者可以采用影像指导下的射频消融治疗来杀灭肿瘤细胞。肿瘤细胞是否可以被此方法杀死取决于病灶的大小、位置和形状。该治疗是在全麻下，采用超声引导下完成。
化学消融
该治疗是对肿瘤通过直接注入化学药品来杀死肿瘤细胞的方法，目前已较少应用。最经常使用的药物是无水乙醇，也就是常说的酒精，该过程被称为经皮无水酒精注射治疗。这种方法在很长一段时间内用于原发性肝癌治疗，但在肝转移癌应用较少。与热消融一样，化学消融主要用于病灶少于四个的患者，在深度镇静或全麻下进行，通常患者治疗后需要住院观察。化学消融只适用于无法进行热消融的患者。
全身化疗及靶向药物治疗
目前没有针对原发性肝癌的标准化疗方案。但是许多肿瘤内科医生相信部分肿瘤患者可以通过化疗获益。化疗可以使肿瘤细胞缩小，增加手术的机会。阿霉素是原发性肝癌最经常使用的化疗药物。但该药物的疗效差别很大，肿瘤医生对此也难以解释。阿霉素单药或与顺铂、5-氟尿嘧啶联合应用可以另一部分患者获益。常见的副反应有乏力、恶心、呕吐，可以出现于任何单药或联合化疗，但是每个病人的程度不同。开始化疗之前，医生需要告知患者可能出现的副反应，这一点很重要。
最新研究发现一种新的靶向治疗药物多吉美（索拉非尼），可成功延长晚期肝癌患者总生存期，并已开始大量应用于临床。
辅助治疗
辅助治疗用于根治性手术后，目的是增加治愈机会，主要包括化疗、放疗以及其他形式的治疗。由于肝脏对放疗耐受性差，可以导致放射性肝炎，因此放疗不经常使用于肝癌术后的辅助治疗。
肝癌是一个可以影响全身多个脏器功能和病人生活质量、生存期的复杂疾病。然而多学科临床研究者的协作更有可能提高患者的生活质量、延长其生存期。
症状的治疗
许多肝癌患者，控制症状与控制疾病进展一样重要。对于广泛转移的患者，姑息手术可以防治胆道梗阻，避免出现黄疸、皮肤瘙痒、恶心、呕吐和发热。
疼痛治疗
肝脏周围围绕着若干器官和上腹部的神经网络，因此，大部分肝癌患者需要进行疼痛治疗。有效的疼痛治疗是肝癌有效治疗的关键。对疼痛不采取治疗会出现很多副作用，甚至影响病人的身体恢复和生存。
营养
对肝癌患者并没有特殊的饮食推荐，但是医生需要鼓励患者平衡饮食，减少或停止饮酒。
随访
由于肝癌控制较难，因此治疗后的随风尤其重要。除了全面的体检和问诊外，还需要进行血、尿、便分析（检查正常的消化吸收功能）；X线（特别是肺、骨、腹腔等肝癌易于转移的部位）；CT、超声或MRI。患者治疗后再次出现任何疼痛、不适或变化需要立即就诊。
