乳腺肿瘤内科是以进展期乳腺癌诊治为主的专科临床科室，为北京大学肿瘤医院研究型病房，现有医生20人，其中主任医师6人、副主任医师5人。护士23名，主任护师 1人，主管护师12人，护师10人；科研人员2名，副研究员 1人、助理研究员1人。开放床位33张。

科室以乳腺癌综合治疗为重点，包括化疗、内分泌治疗、靶向治疗、免疫治疗等，强调规范化治疗基础上的个体化治疗，同时注重临床研究和转化性研究，致力于以分子水平指导下的乳腺癌的精准治疗，诊治水平在国内享有盛誉。乳腺肿瘤内科近5年主持或参与完成了多项国家自然科学基金、国家973项目分课题、北京市新世纪百千万人才工程、首都医学发展科研基金、教育部高等博士学科点专项科研基金、北京市卫生系统高条理人才培养计划、国家“十二五”重大专项课题。发表文章百余篇，其中SCI文章五十余篇。科主任李惠平教授是NCCN乳腺癌治疗指南中国版内科部分执笔人之一，并主持撰写了中国进展期乳腺癌共识指南（CABC）。

作为研究型病房，承担大量国际及国内多中心药物临床研究，作为共同组长单位牵头完成氟唑帕利联合阿帕替尼在胚系BRCA突变的晚期乳腺癌临床研究（FABULOUS研究），两个药物于2024年12月获批乳腺癌适应症，均为第一个在中国获批乳腺癌适应症的PARP抑制剂和血管生成抑制剂。作为共同组长单位完成的齐鲁曲妥珠单抗生物类似物，于2024年7月5日在中国上市。参与完成的依那利赛联合CDK4/6抑制剂和内分泌治疗临床研究（INAVO120），入组全球第二，该药物于2024年10月在美国上市。